是否合法，依据何在？

法院查封或冻结中央财政专项科研经费需视情况而定。依据《相关执行规定》，专项资金一般不得冻结，但若企业以此逃避义务，法院可冻结。不及时处理可能导致资金被误冻或滥用，影响科研活动正常进行。
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处理此问题需明确资金性质。若属专项资金且未逃避义务，应申请解除冻结；若资金用途不明或存在逃避行为，需配合法院调查。选择方式需基于资金实际情况和法律规定。
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视情况处理。专项资金被误冻，立即向法院提出申请，证明资金用途，要求解除；若资金用途不明，配合法院审查，提供必要证据；逃避履行义务者，需承担法律责任，并尽快履行义务以解冻资金。